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OSによってファイル名の正規化が行われる.

Unicode正規化 - Wikipedia

Linux / Windows
NFC: Normalization Form Canonical Compression

OS X
NFD: Normalization Form Canonical Decompression

異なる「正規化」間で問題となる.

PHPで認識して変換できるのか.

ファイルを OSX上でつくる.

$ ls
KONBU.txt        こんふ.txt       こんぶ.txt

これに対してPHPコード.

<?php
$files = glob('*.txt');
foreach ($files as $key => $file) {
    $raw = pathinfo($file, PATHINFO_FILENAME);
    $nfc_iconv = iconv('UTF-8-MAC', 'UTF-8', $raw);
  //$nfc_normalizer = Normalizer::normalize($raw, Normalizer::FORM_C);
    echo $raw                                  . "\t" .
         mb_strlen($raw, 'UTF-8')              . "\t" . 
       //mb_strlen($raw, 'UTF-8-MAC')          . "\t" . 
         iconv_strlen($raw, 'UTF-8-MAC')       . "\t" .
         urlencode($raw)                       . "\n";
    echo $nfc_iconv                            . "\t" .
         mb_strlen($nfc_iconv, 'UTF-8')        . "\t" . 
         iconv_strlen($nfc_iconv, 'UTF-8-MAC') . "\t" .
         urlencode($nfc_iconv)                 . "\n";
  //echo $nfc_normalizer                       . "\n";
}

実行.

$ php test.php 
KONBU	5	5	KONBU
KONBU	5	5	KONBU
こんふ	3	3	%E3%81%93%E3%82%93%E3%81%B5
こんふ	3	3	%E3%81%93%E3%82%93%E3%81%B5
こんぶ	4	3	%E3%81%93%E3%82%93%E3%81%B5%E3%82%99
こんぶ	3	3	%E3%81%93%E3%82%93%E3%81%B6

よって, NFDからNFCに変換する場合.

iconv('UTF-8-MAC', 'UTF-8', $raw)

PHP関数 iconv*( ) は「UTF-8-MAC」を知っている.