使いながらもなんか
ややこしい。
セキュリティ的に向上するのは分かるが、なんか
面倒くさい。
なので、一度整理してスッキリしておきます。
🔑 2段階認証 (2FA) とは
これまでのログイン。

ID と パスワード を入力してログインします。
そして、2段階認証。

ID と パスワード に加えて ワンタイムパスワード を入力してログインします。
🔑 ワンタイムパスワード
ワンタイムパスワード は、シークレットキー を保存している ワンタイムパスワード生成アプリ で生成します。

シークレットキー は ワンタイムパスワード生成アプリ 内に保存しておくことになります。

🔑 シークレットキー
シークレットキー は、ログインしたいサービス のサイトやアプリから発行されます。
そのサービスの 設定画面などから 2段階認証 を ON にして発行します。

🔑 まとめ
以上の図をまとめておきます。
左(水色)が ログインしたいサービス で、右(灰色)が ワンタイムパスワード生成アプリ です。
例えば、水色が Twitter で、灰色が Google認証システムアプリ(Autenticator)。

👉 Google 認証システム - Google Play のアプリ 
それぞれの要素の意味合いを把握できていれば、画面遷移やサービスによる言葉の変化にも対応して読み替えることができます。
SMS(ショートメール) を使った2段階認証で受信するテキストの意味も分かると思います。