使いながらもなんか
ややこしい。
セキュリティ的に向上するのは分かるが、なんか
面倒くさい。
なので、一度整理してスッキリしておきます。
🔑 2段階認証 (2FA) とは
これまでのログイン。

ID
と パスワード
を入力してログインします。
そして、2段階認証。

ID
と パスワード
に加えて ワンタイムパスワード
を入力してログインします。
🔑 ワンタイムパスワード
ワンタイムパスワード
は、シークレットキー
を保存している ワンタイムパスワード生成アプリ
で生成します。

シークレットキー
は ワンタイムパスワード生成アプリ
内に保存しておくことになります。

🔑 シークレットキー
シークレットキー
は、ログインしたいサービス
のサイトやアプリから発行されます。
そのサービスの 設定画面などから 2段階認証 を ON にして発行します。

🔑 まとめ
以上の図をまとめておきます。
左(水色)が ログインしたいサービス
で、右(灰色)が ワンタイムパスワード生成アプリ
です。
例えば、水色が Twitter
で、灰色が Google認証システムアプリ(Autenticator)
。

👉 Google 認証システム - Google Play のアプリ 
それぞれの要素の意味合いを把握できていれば、画面遷移やサービスによる言葉の変化にも対応して読み替えることができます。
SMS(ショートメール) を使った2段階認証で受信するテキストの意味も分かると思います。